هذه الكنيسة الوحيدة في بيت ساحور التابعة لطائفة اللاتين، وسميت بكنيسة السيدة فاطمة نسبة لظهور العذراء في مدينة فاطمة في البرتغال. أسستها البطريركية اللاتينية في القدس عام 1859 وقامت بتوكيل كاهن للاتيني يدعى جاك موريتا لتصميم المبنى. تقع الكنيسة بالقرب من حقل الرعاة، وهي معروفة بمذبحها المذهل والفريد من نوعه في كل فلسطين، والذي شارك في بناءه مجموعة من البنائين الأجانب والمحليين ونحتوا في حجارته قصة ميلاد المسيح وحياته. في ذات العام الذي تم فيه بناء الكنيسة، تم تأسيس مدرسة لتعليم طلاب من المنطقة والقرى المجاورة، وبقيت تخرج أجيال لغاية اليوم.