Einer Legende zufolge soll dieses Kloster an der Stelle errichtet worden sein, wo sich der Prophet Elijah während seiner Flucht vor der Tyrannei der Königin Jezebel aufhielt, die wegen der Verfolgung von Propheten berüchtigt war und sich besonders die Schlachtung der Baal-Priestern durch den Propheten Elijah rächen wollte. Eine andere Legende führt den Klosterbau auf die Grabstätte des Heiligen Elias zurück, des ägyptischen Mönchs, der 494 AD Patriarch von Bethlehem war. Das Kloster wurde im 6. Jahrhundert über den Ruinen einer byzantinischen Kirche erbaut, zu einer Zeit, als Palästina ein berühmtes Mönchtumszentrum war (4. - 7. Jahrhundert). Es war eine Zeit, als prominente Mönche aus der ganzen Region nach Palästina strömten und zu den Höhlen gelangten oder sich den Hunderten von Klöstern anschlossen, die wie Pilze aus der Erde schossen. Ihre Spiritualität und das hohe Maß an Heiligkeit und Frömmigkeit, die diese Mönche in der Wüste durch spirituelle Askese oder körperliche Bewegung anstrebten, wurden Gegenstand von Legenden . Das Kloster Mar Elias liegt drei bis fünf Kilometer nördlich von Bethlehem und ist der griechisch- orthodoxen Kirche unterstellt. Es wurde während der Invasion der Perser im Jahre 614 AD zerstört, wurde mehrmals umgebaut und wieder zerstört, bis es im 12. Jahrhundert in seiner heutigen Form wieder aufgebaut wurde. Seine festungsartige Struktur und seine strategische Lage zwischen Bethlehem und Jerusalem machten es für militärische Operationen in den Kriegen 1948 und 1967 attraktiv. Am 2. August jeden Jahres wird das Fest des hl. Elias mit Prunk gefeiert, wenn der Patriarch von Jerusalem zusammen mit christlichen Würdenträgern aus Jerusalem in Mar Elias Halt machen bevor ihre Prozession zur Geburtskirche in Bethlehem weitergeht.